El DER-INESER fue originalmente dictaminado por el Consejo General Universitario en 1986 como Instituto de Estudios Económicos y Regionales (INESER). Este Instituto tenía un voto dentro del Consejo, otorgándole el estatus de una facultad o escuela. Lo integraban el Centro de Estudios Regionales, el Centro de Estudios Económicos, el Centro de Estudios de Población y el Centro de Estudios México-Estados Unidos. Algunos de los profesores del ahora DER-INESER fueron fundadores y otros se formaron dentro del Instituto como investigadores y docentes.
En el INESER surgió el primer programa de maestría en economía en 1992, siendo también el primero reconocido por el entonces PNPC (Programa Nacional de Posgrados de Calidad) en la Universidad de Guadalajara y el primero que se ofertaba fuera de la Ciudad de México. Dentro del Instituto, también surgió el primer Centro de Estudios de Opinión, dedicado a las encuestas electorales y pionero en su género en México. Asimismo, se fundó el Programa de Estudios sobre la Mujer, ahora Laboratorio de Estudios de Género. Y el Programa de Estudios del Pacífico que después se convirtió en Departamento de Estudios del Pacífico, en el Centro Universitario de Ciencias Sociales y Humanidades (CUCSH).
La mayoría de los profesores investigadores en el Instituto obtuvieron el reconocimiento SNII por la calidad de sus publicaciones de resultados de investigación. También se fundó la Carta Económica Regional, una publicación ininterrumpida durante 37 años, reconocida por organismos internacionales como Redalyc, Scielo, Latindex, DOAJ, CLASE, PERIODICA-SERIUNAM, Latam-studies y DORA. Cuatro de los profesores fundadores del INESER han sido rectores de Centros Universitarios de la Red de la Universidad de Guadalajara; y otros, secretarios académicos, directores de división y jefes de departamento.
El Instituto, ahora DER-INESER, ha sido durante casi 40 años una instancia de prestigio por sus resultados de investigación y docencia, tanto en licenciatura como en posgrado. Además, se ha destacado por ser una instancia de formación de profesores investigadores de alcance nacional e internacional. La comunidad de sus académicos ha fundado los siguientes programas: Maestría en Economía, Maestría en Negocios y Estudios Económicos, Maestría en Políticas Públicas y Doctorado en Estudios Económicos; y a nivel de pregrado, la Licenciatura en Gestión Economía Ambiental y la Licenciatura en Administración Gubernamental y Políticas Públicas.
El INESER cambió su estatus a Departamento en 1999, luego de la creación del Centro Universitario de Ciencias Económico Administrativas (CUCEA) como centro universitario, que a su vez forma parte de la Red de la Universidad de Guadalajara. Desde entonces, el DER-INESER continúa con los mismos principios y mística de excelencia académica, tanto en la investigación como en la docencia, además de la formación de recursos humanos para el nivel académico superior.